Bei der Auswahl von Wäldern mit natürlicher Entwicklung haben die NLF neben der Einhaltung der Mindestanforderungen besonderen Wert auf eine hohe naturschutzfachliche Eignung gelegt. Zusätzlich zu den schon seit geraumer Zeit bestehenden Naturwäldern, den Kernzonen des Nationalparks Harz und den Habitatbaumflächen wurden im Landeswald vorrangig Hotspots der Biodiversität in das NWE-Programm einbezogen. Die Flächenauswahl erfolgte in enger Abstimmung zwischen den Niedersächsischen Landesforsten und der Nordwestdeutschen Forstlichen Versuchsanstalt und mit Beteiligung des Niedersächsischen Landesbetriebs für Wasserwirtschaft, Küsten- und Naturschutz. Außerdem wurden im Rahmen einer Bürgerbeteiligung die Vorschläge von Verbänden und Einzelpersonen berücksichtigt.
Den größten Teil der NWE-Fläche machen Gebiete mit einer Größe zwischen 20 und 100 Hektar und die insgesamt rund 14.900 Hektar große zusammenhängende Kernzone des niedersächsischen Teils des Nationalparks Harz aus. Daneben wurden 25 Gebiete mit einer Flächengröße von über 100 Hektar ausgewiesen. Diese verteilen sich über das gesamte niedersächsische Berg- und Hügelland sowie den Nordosten Niedersachsens. Von besonderer Bedeutung sind die jeweils deutlich über 500 Hektar großen NWE-Gebiete im Süntel und im Drömling. Viele kleinere NWE-Flächen unter 20 Hektar Größe tragen zu einem Verbund der Lebensgemeinschaften reifer naturnaher Wälder bei, repräsentieren Wälder auf von Natur aus kleinflächigen Sonderstandorten (z. B. Sumpf- oder Schluchtwälder) oder sichern alte Laubwaldbestände im niedersächsischen Flachland. Der größte Teil der NWE-Flächen befindet sich im Harz, im Weser- und Weser-Leine-Bergland, im Weser-Aller-Flachland und in der Lüneburger Heide. Hinsichtlich ihrer Flächenausdehnung stellen Buchenwälder die wichtigsten natürlichen Waldgesellschaften Niedersachsens dar. Im NWE-Programm der NLF spielen sie daher mit rund 11.000 Hektar eine prominente Rolle. Den größten Flächenanteil stellen Buchenwaldgebiete mit einer Fläche zwischen 20 und 500 Hektar. Diese Gebiete befinden sich beispielsweise im Bramwald, im Solling, im Süntel und den unteren Lagen des Nationalparks Harz.
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